II. Dünya Savaşı’nın karanlık günlerinde Japon kargo gemisi Lisbon Maru, Doğu Çin Denizi’nde yüzlerce İngiliz savaş esiriyle birlikte yol almaktadır. Gemide taşınan esirlerden habersiz bir Amerikan denizaltısı tarafından torpidolanan Lisbon Maru batmaya başlarken, savaşın acımasız yüzü tüm çıplaklığıyla ortaya çıkar. Japon askerleri, İngiliz esirleri geminin ambarlarına kilitleyerek onları ölüme terk eder. Kaos, korku ve umutsuzluk içinde bazı esirler son anda kurtulmayı başarırken, yüzlercesi denizin derinliklerinde yaşamını yitirir.

Aradan seksen yıl geçtikten sonra, bağımsız Çinli deniz fizikçisi Fang Li, bu unutulmuş trajedinin izlerini sürmeye karar verir. Lisbon Maru’nun su altındaki enkazını keşfetmesiyle başlayan yolculuk, kısa sürede uluslararası bir araştırmaya dönüşür. Fang Li ve ekibi; hayatta kalan tanıklara, kurtarıcı balıkçıların ailelerine ve esirlerin torunlarına ulaşmak için dünyanın dört bir yanında iz sürer. Gazete ilanları, arşiv çalışmaları, röportajlar ve tarihi belgelerle parçalanmış bir hafıza yeniden bir araya getirilir.

Belgesel, etkileyici tanıklıkları, titiz araştırmaları ve güçlü animasyon anlatımıyla yalnızca bir savaş faciasını değil, savaşın insanlar üzerinde bıraktığı derin izleri de görünür kılar. İngiliz esirlerin hayatta kalma mücadelesi, Zhoushanlı balıkçıların hayatlarını riske atan cesareti ve savaşın farklı taraflarında yer alan insanların çelişkili hikâyeleri iç içe geçer.

Lisbon Maru, unutulmuş bir trajediyi gün yüzüne çıkarırken, savaşın acımasızlığına karşı insanlığın, vicdanın ve hatırlamanın gücünü anlatan sarsıcı bir belgeseldir.